El Museo de la Paz de Guernika se abre como Museo Guernika el 7 de abril de 1998. Por aquel entonces se trataba de un museo municipal ubicado en la Plaza de los Fueros (frente al Ayuntamiento), en un edificio diseñado —tras la reconstrucción de la ciudad— por el arquitecto bilbaíno Manuel María Smith que había albergado hasta 1997 los juzgados, Correos y telégrafos.
En sus primeros años, el museo abordaba, principalmente, el tema de la historia de Guernica y Luno así como el terrible bombardeo de la ciudad acaecido el 26 de abril de 1937, durante la Guerra Civil española.
Entre los años 1999 y 2002, el museo realiza, gracias a las ayudas recibidas del Ministerio de Cultura (sección de Bellas Artes y Bienes Culturales) entre otros organismos (en distintos periodos), unas obras de adecuación del edificio y, tras la realización de un proyecto museográfico y ejecución del mismo, se decide que se convierta en un museo de la paz (el primero del País Vasco y de toda España).
En julio de 2002 pasa de ser un museo exclusivamente municipal, a convertirse en una Fundación en la que están, como patronos fundadores, el Ayuntamiento de Guernica y Luno, la Diputación Foral de Vizcaya y el Gobierno Vasco.
Es, por tanto, a partir del año 2003 cuando el museo reabre sus puertas (8 de enero de 2003) renovando su perfil y ampliando sus posibilidades, convirtiéndose en una institución acorde con las necesidades del mundo de hoy. Un espacio que ha crecido para transformarse en un museo atractivo y dinámico, un museo para sentir y vivir, un escenario en el que la historia, de la mano de la emotividad y de la empatía nos ensancha el camino de la reconciliación, un lugar para pensar que a la paz podemos darle forma entre todos.
